Masashi Kishimoto 1974. november 8-adikán született Okayama prefektúrában, idősebb ikertestvérként. (Öccse Seishi szintén mangaka, 666Satan fűződik a nevéhez.) Már óvodában is kritikus szemmel figyelte mások rajzait/mangáit, magával szemben pedig már ekkor is maximalista volt.

Általános iskolában a rajzolás megszállottja volt, főleg a Doraemon c. anime karaktereit gyakorolta, később a Dragonball (írta: Akira Toriyama) rajongó lett. Miután látta ennek manga változatát, érdeklődése a manga felé fordult. Általános iskola felső tagozatában rajzolta meg öccsével az első saját történetét, aminek címe: Mustárember. Ebben az időben barátai Dragonball újságjait kérte kölcsön, hogy tanulmányozhassa a karaktereket, mivel ő nem engedhette meg magának az újságot. Ebben az időben döntötte el, hogy olyan híres mangaka akar lenni, mint Akira Toriyama. Általános iskola végén rajzolta meg a „Hiatari-kun” című mangáját, melynek főszereplője egy árnyék-ninja fiú.

A középiskolában érdeklődése a baseball felé fordult, és természetesen sok volt a tanulni valója is, így nem jutott ideje a rajzolásra. Azt mondta ekkor: „Már öreg vagyok a rajzoláshoz.” Mégis mikor egy délután hazafelé ment, az utcán meglátott egy plakátot, ami Katsuhiro Ootomo: Akira c. művét reklámozta, ekkor újra beleszeretett a rajzolásba. Megpróbálta leutánozni Ootomo-t, de rájött, hogy a rajza egyedi. Gimnázium végén minden anyagot összegyűjtött Akiráról, és megpróbálta hűen lemásolni a stílusát. Középiskola végén rajzolta meg első 31 oldalas mangáját, amelyet beküldött a Jump Magazine pályázatára (annak ellenére, hogy öccsének és apjának sem tetszett), és a pályázaton sem nyert vele. Ekkor kezdett el azon gondolkodni, hogy mások miért rajzolnak jobban nála? Gimnázium végén 38. lett a 39 fős osztályból, így nyilvánvalóvá vált, hogy nem tanulhat tovább. Mindennek ellenére nem adta fel, eltökélte, hogy Jump mangaka lesz.

Végül 1996-ban kiadták Karakuri c. mangáját, majd 1999-ben a Jump-nál a Naruto-t, amely az óta is fut. Masashi mára már egyike a legnépszerűbb mangakáknak, Naruto c. művét világszerte fordítják.